Фракция Асифа Чото
Другую отдельную фракцию «Лашкар-е-Джангви» (LeJ), отколовшуюся от основной группировки после терактов 11 сентября, возглавлял Асиф Чото, родом из района Музаффаргарх в Пенджабе, но проживавший в Карачи. Чото присоединился к одной из ячеек LeJ в Карачи в 1990-х годах, но получил известность как командир после 11 сентября. Его фракция, в отличие от других подразделений LeJ, по-прежнему сосредоточивала свое внимание на религиозном насилии, хотя она также поддерживала антигосударственный джихад, содействуя операциям террористической организации «Аль-Каида» (запрещена в РФ) и фракции Амджада Фаруки. Чтобы консолидироваться и предотвратить фрагментацию после значительных потерь в рядах руководства LeJ в 2002 году (в первую очередь убийства Басры и Рамзи и арестов Лахори и Бухари), Чото попытался перегруппировать кадры LeJ. Для этого он стремился организовать членов группировки во всех провинциях, включая внутренний Синд, Южный Белуджистан и северо-запад провинции Хайбер-Пахтунхва. Сеть Чото была признана ответственной за некоторые из самых громких актов религиозной агрессии в Пакистане против шиитской общины. Например, группировка Усмана Курда, совершившая первый взрыв смертника в шиитской мечети в Кветте в июле 2003 года, была расширенной частью сети Чото. Его фракция продолжала антишиитскую кампанию LeJ до 11 сентября, даже усиливая ее за счет использования крупномасштабных атак террористов-смертников, однако она также параллельно сотрудничала с «Аль-Каидой» и другими группами боевиков, организуя атаки на силы безопасности Пакистана (в обмен на ресурсы для ведения антишиитской подрывной деятельности). Разумеется, агрессия со стороны фракции Асифа Чото вызвала незамедлительную реакцию пакистанских сил безопасности: Чото был арестован вместе с несколькими заместителями в 2005 году недалеко от столицы Исламабада, а Усман Курд был арестован в Карачи годом позже. Эти громкие аресты окажутся решающими, поскольку они ограничат подрывную деятельности LeJ. Тем не менее, командир другой ячейки LeJ, Аманулла Африди из Пешавара, попытался продолжить дела Чото. Связи Африди с терактами «Аль-Каиды» в Пакистане способствовали внесению его в список международных террористов США. Тем временем, примерно в 2008-2010 годах, террористическая организация «Техрик-е-Талибан Пакистан» (ТТП, запрещена в РФ) начала формироваться как мощный антиправительственный игрок на региональном экстремистском ландшафте и поглотила некоторые антишиитские группировки. В результате некоторые бывшие командиры LeJ заняли влиятельные руководящие должности в рядах ТТП, что привлекло в организацию больше боевиков, настроенных против шиитов. Слияние антигосударственных и антишиитских настроений в руководстве ТТП создало дополнительные возможности для углубления ее сотрудничества с LeJ. Как отмечалось выше, некоторые члены LeJ заняли руководящие должности в ТТП или выступили в качестве ее сооснователей, сыграв решающую роль в создании и развитии данной террористической организации. В их число входили боевики пуштунского происхождения, которые стали активистами и сторонниками ССП/LeJ во время их пребывания в Карачи, например, Кари Хусейн Мехсуд из Южного Вазиристана и Тарик Африди из Дарра-Адам-Хель. Эти главари LeJ не только способствовали созданию опорных пунктов боевиков в племенных районах, но и потенциально повлияли на тактику ТТП. Например, Мехсуд основал бригаду смертников ТТП, вербуя, обучая и курируя операции террористов-смертников по всей стране. Африди основал в Дарра-Адам-Хель одно из самых опасных подразделений ТТП с оперативной сетью в столице провинции Пешавар. Фракции ТТП, особенно те, на которые оказали внутреннее или внешнее влияние главари LeJ, совершали жестокие нападения на шиитскую общину параллельно с нападениями на пакистанские силы безопасности. Некоторые члены LeJ стали самыми безжалостными командирами ТТП и организовывали теракты, которые привели к большому количеству жертв среди гражданского населения, в то время как другие, такие как фракция Фаруки, совершали более целенаправленные и громкие нападения на ключевые силы безопасности и западные объекты. Громкие нападения на религиозной почве помогли ТТП сформировать свирепую репутацию на экстремистском ландшафте региона. Однако количество таких атак стало постепенно уменьшаться, поскольку члены первой группы главарей ТТП, связанные с LeJ, были нейтрализованы, в то время как сама ТТП попыталась ограничить свою подрывную деятельность борьбой с правительственными силами безопасности.
«Лашкар-е-Джангви аль-Алами» (LeJ-A)
Третья фракция LeJ под названием «Лашкар-е-Джангви аль-Алами» или LeJ International, была основана Абидом Мехсудом, боевиком LeJ из Южного Вазиристана. Мехсуд присоединился к LeJ через ССП, когда учился в религиозной семинарии в Карачи в конце 1990-х годов. В 2003 году Мехсуд основал лагерь боевиков в своих родных районах в Южном Вазиристане, предоставляя убежище соратникам. Однако основатель ТТП Байтулла Мехсуд потребовал, чтобы Абид объединил с ним силы, как это сделал член LeJ Кари Хусейн Мехсуд, чтобы создать единый фронт в племенных районах. Опасаясь, что слияние с Байтуллой затмит антишиитские приоритеты LeJ, Абид решил покинуть занятую ранее территорию и вместо этого основал тренировочные лагеря в племенном округе Куррам и Северном Вазиристане. В состав LeJ-A входили боевики из Синда и провинции Пенджаб. Фракция была ответственна за нападения на религиозной почве в этих районах, включая (помимо нападений на шиитов) атаки на святыни суннитской подсекты Барелви, что привело к тяжелым потерям среди гражданского населения. Однако LeJ-A столкнулась с кризисом руководства в 2010 году, когда Абид Мехсуд убил своего заместителя Усмана Пенджаби на фоне распрей в Северном Вазиристане. Сам Абид Мехсуд вскоре был в отместку убит эмиром ТТП Хакимом Уллой Мехсудом. На пике войны ТТП с «Аль-Каидой» в Пакистане правительство таинственным образом освободило нескольких командиров LeJ в 2009 и 2011 годах, в том числе Чото, Кари Атаура Рехмана (псевдоним Наим Бухари) и двух сооснователей LeJ, которые были арестованы в 1997 – Малика Исхака и Гулама Расула Шаха. Аналогичным образом, ранее упомянутый Усман Курд, главарь группировки в Кветте, загадочным образом сбежал в 2008 году из тюрьмы строгого режима в Белуджистане вместе со своими близкими соратниками Шафиком-ур-Рехманом Риндом и Давудом Бадини. Среди освобожденных правительством был также близкий помощник Абида Мехсуда Сайед Сафдар (псевдоним Юсуф Мансур Хурасани) из Карачи, который реорганизовал сеть LeJ-A. Впоследствии группировка заявила о своем первом антишиитском нападении в Афганистане в декабре 2011 года, когда она атаковала ежегодную религиозную процессию в Кабуле, в результате чего погибло 55 человек.