Цикл обучения в «Моссад» состоит из трех элементов: из Базовых оперативных курсов для новичков и сотрудников низшего звена, оперативных курсов и оперативных курсов практической направленности. Всех кандидатов на офицерские должности направляют перед приступлением к служебным обязанностям проходить четырехмесячные базовые оперативные курсы. Полный цикл обучения занимает почти два года и проводится групповым методом по 12 человек в группе. Большую часть времени слушатели учатся в районе Тель-Авива. Преподают на курсах как штатные преподаватели, так и специально привлекаемые к этому на временной основе офицеры разведки, а также сотрудники штаб-квартиры, включая директора «Моссад» и директоров главных управлений, которые время от времени читают лекции по своей специальности.

Все три спецслужбы Израиля совместно содержат Школу повышения оперативного мастерства, которая предлагает двух-трехмесячные курсы по вопросам мировой политики, политических и экономических целях израильского государства, новых методов технического обеспечения разведопераций, а также новейшие данные о зарубежных разведслужбах. Все сотрудники среднего звена по возвращении из загранкомандировок направляются в эту школу. Каждый набор школы насчитывает от 40 до 50 слушателей. Преподавательский состав школы составлен из представителей всех трех спецслужб, общее руководство школой осуществляет директор «Моссад». Стало традицией, что на выпускных мероприятиях в школе присутствует премьер-министр или кто-то другой из высокопоставленных лиц.

Некоторые молодые сотрудники «Моссад», у кого есть пробелы в образовании или языковой подготовке, направляются на учебу в зарубежные университеты, где они параллельно с получением высшего образования (и под прикрытием этого) ведут внеурочную оперативную работу. Одна из основных традиционных задач, которую ставят перед собой основные израильские спецслужбы, -это свободное владение арабским языком. Ежегодно в Тель-Авиве проводятся девятимесячные курсы интенсивного изучения арабского языка для слушателей из всех трех спецслужб. МИД Израиля также посылает двух-трех своих сотрудников на эти курсы ежегодно. Сотрудники «Моссад», направляемые на работу в арабские отделы, проходят ту же языковую подготовку, что и сотрудники ШАБАК (Службы общей безопасности). Для дополнительной языковой практики эти сотрудники «Моссад» перед загранкомандировками на два года посылаются на работу на палестинские территории.

ШАБАК отвечает за благонадежность всех сотрудников разведслужб и служб безопасности Израиля. Более того, эта организация осуществляет набор и подбор сотрудников этих подразделений в зависимости от их специфических требований в отношении лояльности к государству, образования, способностей и т.п. Лишь служба безопасности армии сама проводит набор своих сотрудников и осуществляет проверку благонадежности военнослужащих, но при этом она использует схемы и методы, разработанные ШАБАК.