Третьим серьезным фактором, повлиявшим на развитие турецко-американских отношений, является дело Фетхуллаха Гюлена. Эмиль Бувье отмечает, что отношения этого исламского проповедника с Эрдоганом имеют непрозрачный и таинственный характер. В начале своей политической карьеры Эрдоган опирался на поддержку Гюлена. Пока Фетхуллах Гюлен создавал разветвленную сеть влияния (фактически параллельное государство – движение «Хизмет»), Эрдоган поднимался по ступеням политической лестницы к лидерству. В начале 2010-х годов между двумя «сильными мужчинами» турецкой политики стали появляться серьезные разногласия. Их отражениями стали процесс по делу «Эргенекон» (2008-2016 годы) и коррупционный скандал в турецком правительстве в 2013 году. После путча в июле 2016 года, подавленного за одну ночь, турецкие власти моментально нашли его виновника и инициатора. Им оказался Фетхуллах Гюлен, который, по мнению турецких спецслужб, из-за рубежа направлял деятельность своих сторонников в Турции.
Взгляды турецкого лидера и его сторонников обратились на Вашингтон. По мнению политиков из правящей Партии справедливости и развития (ПСР), США были причастны к попытке переворота. Во-первых, Гюлен с 1999 года живет в добровольном изгнании в Соединенных Штатах, причем его вилла находится в подозрительной близости от штаб-квартиры ЦРУ в Лэнгли. Во-вторых, костяк путчистов составили офицеры турецких ВВС, собравшиеся на базе Инджирлик около Аданы. Данный объект является местом базирования не только турецких, но и американских ВВС. На базе размещены, в частности, 50 ядерных бомб В-61, тщательно охраняемых американским персоналом. Время, выбранное для попытки переворота, совпало с ухудшением турецко-американских отношений, поэтому турецкие эксперты считают, что американская администрация решила убрать лидера союзного государства, который становился все более неудобным для Вашингтона.
19 июля 2016 года турецкая сторона направила правительству США официальный запрос на экстрадицию Гюлена. 23 июля она повторила запрос, сопроводив его документами, «подтверждающими причастность Фетхуллаха Гюлена к путчу». Победа Дональда Трампа на президентских выборах 8 ноября 2016 года породила некоторые надежды у турецкого руководства. Один из сторонников Трампа, бывший мэр Нью-Йорка Руди Джулиани известен как лоббист Турции, побуждавший Трампа выдать Гюлена. Советник президента США по национальной безопасности Майкл Флинн в 2017 году на переговорах с турецкой стороной обсуждал возможности экстрадиции проповедника. В то же время Дональд Трамп занял по отношению к Турции недвусмысленно недружественную позицию, категорически отказавшись выдавать Гюлена. По информации Эмиля Бувье, на переговорах Эрдогана и Байдена в Брюсселе эта тема не затрагивалась.
Четвертой причиной обострения двусторонних отношений является процесс крупного турецкого коммерческого банка Halkbank. США обвинили этот солидный финансовый институт в нарушении международных санкций против Ирана, наложенных в 2010 году Советом Безопасности ООН в связи с ядерной программой ИРИ. Санкции подразумевали отключения иранской финансовой системы от SWIFT, чтобы максимально затруднить иранские финансовые транзакции. С марта 2012 по июль 2013 года Halkbank купил золота на 13 миллиардов долларов. В международных и американских предписаниях содержался запрет на расчеты с ИРИ в долларах или евро, но о золоте ничего не говорилось. Банк за золото скупал иранскую нефть, а потом организовывал ее реэкспорт через Турцию. В декабре 2013 года президент Halkbank Сулейман Арслан был арестован в Турции и признал на допросах вину в получении взяток от Резы Зерраба, иранского бизнесмена с двойным гражданством ИРИ и Турции, который в свою очередь был арестован в Майами в марте 2016 года. Годом позднее, в марте 2017 года в США был арестован новый президент Halkbank Мехмед Хакан Аттила по обвинению в «заговоре с целью подорвать американские санкции против иранского режима, предоставляя иранцам доступ к фондам в размере миллиардов долларов и обманывая американского регулятора». Также отмечалось, что президент Halkbank помогал Резе Зеррабу «использовать американские финансовые институты для того, чтобы организовать запрещенные финансовые транзакции, что привело к перемещению миллионов долларов в Иран» (1). Процесс над Аттилой состоялся в Нью-Йорке в ноябре 2017 года. В апреле 2018 года он был приговорен американским судом к 32 месяцам тюремного заключения, а в июле 2019 года досрочно освобожден. Этот случай, однако, не означал окончания злоключений турецкого банка. В октябре 2019 года против банка были выдвинуты обвинения в «мошенничестве, отмывании денег и нарушении американских санкций против Ирана».
Президент Турции Реджеп Тайип Эрдоган также оказался вовлечен в скандал вокруг Halkbank. Реза Зерраб на допросах американской юстиции признал, что нелегальные операции банка совершались с одобрения высшего руководства Турции, Эрдогана и его зятя Берата Албайрака. 30 июня 2021 года председатель правления Halkbank Осман Арслан отметил, что турецкое правительство ведет с американской стороной переговоры по Halkbank, которому грозят убытки в размере 20 млрд долларов и отключение от системы SWIFT.
Наконец, пятым серьезным расхождением двух государств явилось признание геноцида армян в Османской Империи. 24 апреля 2021 года новый президент США Джозеф Байден стал первым хозяином Белого Дома, признавшим геноцид армян, определяемый как «массовые убийства и преследования армянского населения в Турции, совершенные в 1915-1923 годах». Вопрос о признании армянского геноцида является крайне чувствительной проблемой для государств, поддерживающий партнерские отношения с Турцией. Например, парламент Швейцарии так и не признал геноцида, ограничившись осторожным осуждением «трагических событий 1915 года, приведших к гибели большого количества армян». Признание геноцида французским парламентом 18 января 2001 года привело к массовым протестам в Турции и, по признанию тогдашнего президента Франции Жака Ширака, «нанесло серьезный ущерб двусторонним отношениям». Посол Турецкой Республике в Париже Сонмез Коксаль был отозван в Анкару для консультаций, а сделки по покупке французских вооружений были отменены.
По мнению Эмиля Бувье, признание геноцида армян Байденом является не только восстановлением исторической справедливости и поступком для того, чтобы привлечь на свою сторону симпатии армянской общины в США. В этом жесте просматривается намерение вести диалог с Турцией «с позицией силы». Правда, Джозеф Байден заранее предупредил своего турецкого коллегу о том, что совершит это признание. Реакция Анкары не заставила себя долго ждать. Министр иностранных дел Турции Мевлют Чавушоглу в своем заявлении подчеркнул: «Слова не могут изменить или переписать историю. Мы не собираемся получать уроки о нашем прошлом от посторонних. Политический оппортунизм есть худший грех против мира и справедливости. Мы отвергаем эту декларацию, целиком основанную на популизме». Посол США в Турции Дэвид Саттерфилд вынужден был запросить встречу в турецком МИД, чтобы оправдаться в «отсутствии у США намерения вмешиваться в турецкие внутренние дела».