С 2005-2006 года ситуация в Афганистане качественным образом изменилась. «Талибан» и другие радикальные группировки активизировали подрывную и террористическую деятельность. Действия экстремистов стали включать атаки малых и средних групп, а также использование террористов-смертников. Так, например, количество атак утроилось с отметки в 1 558 до 4 542 в 2006 года «Аль-Каида» (запрещена в России) не была уничтожена, а международный терроризм по-прежнему был в состоянии использовать территорию Афганистана. С другой стороны, США совершили ряд ошибок стратегического характера, что усугубило ситуацию. В 2007 года атаки с участием смертников увеличилось на 400 процентов, а количество убийств возросло на 800 процентов. Также увеличилось количество терактов с использованием дистанционных самодельных взрывных устройств (СВУ) с 783 до 1 677. В 2008 году количество атак увеличилось еще на 27%, что стало беспрецедентным результатом за все годы присутствия США в Афганистане. «Талибан» активизировал свою деятельность: участились нападения на военнослужащих США и контингент Международных сил содействия безопасности (МССБ). На наш взгляд, это происходило потому, что ВС США постепенно продвигались и увеличивали свое присутствие в самых опасных южных и восточных провинциях Афганистана.  В этих провинциях активность талибов была выше, чем на севере страны. Так, министр обороны США Роберт Гейтс в 2007 году отметил, что причинами возросшей нестабильности в Афганистане являются «действия коалиционных сил, которые вторгаются в пуштунские анклавы на афганско-пакистанской границе». Данный вывод имеет право на существование, однако он не объясняет все причины возросшего сопротивления со стороны афганцев. В июле 2007 года представители разведсообщества США (ЦРУ, АНБ, РУМО и других разведывательных структур) провели совещание по вопросу борьбы с терроризмом в Афганистане и Ираке. Лучшие американские аналитики разработали документ, который резюмировал выводы совещания. Документ под названием «Террористическая угроза для США» отметил, что по-прежнему основная угроза национальной безопасности США исходит от «Аль-Каиды», ядро которой располагается в районе афгано-пакистанской границы. Аналитики разведки и контрразведки пришли к выводу, что группировка, несмотря на все усилия США, сохранила, а где-то и восстановила свои возможности. В докладе Директората национальной безопасности США 2008 года содержались похожие выводы. Спустя семь лет после начала контртеррористической операции, «Аль-Каида» по-прежнему обладала безопасным убежищем на территории Пакистана, в частности, в Территории племен федерального управления (ТПФУ) или Зоне племен. Итак, американские стратеги пришли к выводу, что все усилия США в Афганистане лишь переместили базы террористов на расстояние в несколько сотен километров. Специалист по Афганистану Барнетт Рубин отмечал, что одной из главных ошибок в стратегии Вашингтона было формирование постталибского правительства по сверхцентрализованной схеме, в то время как история и реалии Афганистана требовали совершенно иного. Данный тезис кажется нам оправданным. США во многом упустили из виду интересы племен, что усугубило ситуацию в стране. Талибы, в свою очередь, качественным образом реформировали свою тактику. Они не только позаимствовали средства радикального сопротивления из Ирака (такие, как атаки смертников), но и перешли в наступление. С первых дней операции «Несокрушимая свобода» и до летней кампании 2006 года боевики «Талибана» и «Аль-Каиды» принципиальным образом старались не вступать в прямые столкновения с военнослужащими США, и тем более не думали идти в наступление. С 2006 года участились наступления сил талибов на ВС США. Боевики не только проводили более решительные военные действия, но и периодически захватывали города и провинции. Американских военнослужащих начали атаковать хаотично и с любых позиций, что застало врасплох руководство ВС США.

Данное обстоятельство показало ограниченность успеха всего предыдущего периода контртеррористической операции США в Афганистане. Одновременно с активизацией подрывной деятельности исламистского подполья, увеличивались потери среди личного состава ВС США. Вдобавок у стран международной коалиции стало меняться отношение к некогда «успешной афганской кампании». Ряд государств, принимающих участие в МССБ, также отправили свои войска в Ирак. И если к 2006 году ситуация в Ираке была на грани катастрофы, то операция в Афганистане, которая, к тому же была одобрена СБ ООН, считалась успехом США и НАТО. Важным репутационным фактором здесь являлось то, что афганская война стала первым случаем в истории НАТО, когда был применен V пункт Вашингтонского договора 1945 года Соответственно, провал афганской кампании нанес бы невосполнимый урон по престижу Североатлантического альянса. Именно поэтому, на наш взгляд, Вашингтон начал уделять Афганистану больше времени и ресурсов. Радикальные группировки начали свое наступление летом 2006 года. Именно в это период кооперация между исламистами достигла нового уровня. Связи между ними имелись как на тактическом, так и на стратегическом уровне. Контакты осуществлялись на высшем уровне, посредством шуры той или иной группировки, а также и на низшем — среди рядовых боевиков. Широкая активность «Талибана» осуществлялась в юго-восточных провинциях Афганистана таких, как Урузган, Забуль, Пактия, Гильменд, Кандагар, Пактика, а также на территории Пакистана ― в провинции Белуджистан и Территории племен федерального управления.