С тех пор как движение «Талибан» (запрещено в РФ) вернулось к власти в Афганистане, текущее положение «Аль-Каиды» (террористическая организация, запрещена в РФ) и международная угроза, которую она представляет, стали предметом многочисленных дискуссий, вызывающих противоположные оценки. В последних отчетах об оценке глобальной террористической угрозы Группа аналитической поддержки и наблюдения за санкциями ООН утверждала, что центральное руководство организации дислоцируется на территории Афганистана и считает его безопасной территорией для вербовки боевиков и планирования трансграничных нападений. Согласно оценкам ООН, в данный момент «Аль-Каида» находится в процессе «восстановления оперативного потенциала». Пользуясь контактами с руководствам «Талибана», организация незаметно развила сеть тренировочных лагерей и иной инфраструктуры в восточных и южных районах Афганистана. Дислоцирующееся на территории страны высшее руководство «Аль-Каиды» по различным оценкам насчитывает от 30 до 60 лиц. Несмотря на то, что в отчетах ООН говорится о неспособности группировки осуществлять подрывную деятельность на большой дистанции, по ее оценкам «Аль-Каида» в долгосрочной перспективе останется угрозой для региона и за его пределами. В свою очередь, военное руководство США подвергло критике некоторые отчеты организации, заявив о расхождении в оценках ООН и американского разведывательного сообщества. Летом 2023 года высокопоставленные американские чиновники заявили, что «Аль-Каида» не восстанавливала свое присутствие в Афганистане с момента вывода из страны сил международной коалиции в августе 2021 года. По их оценках, в данный момент на территории страны находится менее десятка главарей группировки. С этой точки зрения Афганистан больше напоминает убежище для руководства «Аль-Каиды», нежели опорный пункт, из которого группировка способна координировать трансграничные нападения. Нет никаких сомнений в том, что за последнее десятилетие подразделения «Аль-Каиды» в афгано-пакистанском регионе понесли значительные потери. В результате антитеррористических операций, проводимых в регионе под эгидой международной коалиции, группировка лишилась многих опытных боевиков. Само руководство ядра организации признало, что серия ударов беспилотников нанесла колоссальные потери в рядах боевиков на территории Афганистана и пакистанской провинции Вазиристан, включая местных главарей. Руководство группировки начало предпринимать активные меры по пополнению кадрового резерва, однако проблема усугублялась снижением интереса к джихаду в Афганистане и нарастанием в экстремистских организациях волны энтузиазма, вызванной «арабской весной». Это привело к тому, что в афгано-пакистанский регион стало прибывать меньше иностранных боевиков, так как они предпочитали воевать в других местах, особенно в Сирии. Что касается «Аль-Каиды» в Вазиристане, ее ячейки были вынуждены уйти в подполье, чтобы сохранить свою численность. Последней каплей стала начавшаяся в 2014 году военная операция Вооруженных сил (ВС) Пакистана в Северном Вазиристане, где располагалась штаб-квартира «Аль-Каиды». Действия властей привели к тому, что руководство организации приступило к практически полной эвакуации ее членов из Пакистана. Тем не менее группировке удалось сохранить присутствие в своем первоначальном убежище. После потери оплота на территории Пакистана часть боевиков вернулась в Афганистан. Решение было принято в 2010 году высшим руководством «Аль-Каиды», включая Усаму бен Ладена, который приказал членам группировки покинуть племенные территории Пакистана, передислоцироваться в восточный Афганистан, в провинции Нуристан и Кунар, а также в Газни и Забуль, в центре и на юге страны соответственно. Данный шаг, предпринятый после военной операции пакистанских ВС в 2014 году, превратил Афганистан из фронта, используемого в основном полевыми командирами и боевиками, в территориальное убежище для «Аль-Каиды». Хотя точное число боевиков «Аль-Каиды» в Афганистане на сегодняшний день неизвестно, приблизительные подсчеты указывают на то, что организация вернулась к своей первоначальной численности, когда ее члены перебрались в Афганистан в 1996 году. После прихода к власти «Талибана» «Аль-Каида» продолжает использовать Афганистан в качестве одного из своих главных центров оперативного управления. Лучше всего это продемонстрировало возвращение эмира группировки Аймана аз-Завахири в кабульский район Вазир Акбар Хан, где он проживал со своей семьей и соратниками еще до терактов 11 сентября 2001 года. Кроме того, на территории страны базируется как минимум еще один крупный игрок – гражданин Саудовской Аравии Хамза аль-Хамиди, который раньше возглавлял службу безопасности бен Ладена и помогал основать медиа-подразделение «Аль-Каиды», известное под названием «Ас-Сахаб». На сегодняшний день аль-Хамиди  является одним из самых авторитетных главарей ядра организации. Таким образом, вышеупомянутый процесс переселения высокопоставленных членов «Аль-Каиды» обратно в Афганистан подрывает утверждение  американских экспертов о том, что на территории страны их проживает меньше десятка.