Проблемы отношений правительств с исламскими религиозными организациями и институтами в арабских государствах, придерживающихся светской ориентации, традиционно носят сложный, комплексный характер. В задачу правящих элит как правило входит подчинение исламского духовенства с целью трансляции им политических и социальных программ данных элит или полная деполитизация исламских клерикалов. Второй вариант практически невозможен, так как ислам охватывает и регламентирует все стороны жизни верующих, в том числе и политику. В свою очередь мусульманское духовенство стремится одновременно сохранить и упрочить свои финансово-экономические позиции, зависящие от правительств, и в то же время сохранить известную степень независимости. Без такой независимости клерикалы сталкиваются с разочарованием масс верующих, особенно из среды молодежи, и их уходом в несистемные радикальные организации.
В течение последних пяти лет непростые процессы в отношениях государства с исламским клиром происходят в Египте и Сирии. По мнению египетского исследователя Халиля аль-Анани, отношения между религией и государством во всем арабском мире носят сложный и проблематичный характер. Исторически попытки государства и различных политических сил использовать религию на политической арене приводили к многочисленным проблемам. Главная роль религиозных институтов состоит в удовлетворении духовных запросов населения. В то же время она может расширяться, охватывая политическую и социальную сферы. В Египте такие институты как Аль-Азхар и Дар аль-Ифта традиционно оказывали значительное влияние на политическую жизнь. В свою очередь отношения этих организаций с государством всегда были объектом напряженности, трений и проблем. Государство традиционно пыталось поставить эти институты под контроль, чтобы легитимировать свою политику и лишить своих противников-исламистов возможности использовать мусульманское духовенство для пропаганды своих взглядов.
Мечеть Аль-Азхар и подчиненный ей мусульманский университет являются одними из старейших религиозных институтов в исламском мире. Аль-Азхар была основана халифами из династии Фатимидов, получивших власть над Египтом в 969 году. В университете Аль-Азхара проходят обучение студенты из всех стран арабского и исламского мира. Традиционно это учебное заведение пользовалось в Египте большой степенью автономии. Его финансирование осуществляется из различных фондов (вакуфов), что позволяет духовенству не полагаться на государство в своем бюджете и расходах. Во времена Османской Империи было установлено, чтобы Великий Имам Аль-Азхара избирался советом наиболее уважаемых исламских ученых (улемов) без вмешательства государства. Это наделяло его большими полномочиями и делало независимым от государственной власти.
Должность Великого Имама является важной не только из-за его религиозной и духовной роли, но и потому что он выполнял роль связующего звена между правительством и народом. Шейх Аль-Азхара в Египте являлся членом Придворного совета и участвовал в его заседания наряду с высшими чиновниками и военачальниками. Особенно повысилось значение этого религиозного института после устранения мамлюков из египетской политики в конце 18 — начале 19 веков. Улемы Аль-Азхара возглавляли национально-освободительную борьбу против армии Наполеона, а затем поддержали лидерство Мухаммеда Али, основавшего в Египте государство, фактически независимое от Османской Турции. С появлением в Египте «современного» государства правительство начало наступление на независимость и автономию Аль-Азхара. Выбор Великого Имама стал прерогативой исполнительной власти, а не изъявлением воли улемов. Особенным ограничениям деятельность этого религиозного института подверглась в президентство Гамаля Абдель Насера. В 1961 году был издан президентский указ о реорганизации Аль-Азхара, ограничивший его власть и полномочия. Указ запретил выборы Великого Имама Высшим советом улемов и передал многие полномочия Имама Министерству вакуфов.
Известную степень автономии Аль-Азхару удалось вернуть только после январского восстания на площади Тахрир в 2011 году. В январе 2012 года правивший в то время Египтом Высший совет вооруженных сил внес поправки в указ 1961 года. Отныне Великий Имам должен был выбираться высшим советом улемов из 40 человек, тайным голосованием при условии присутствия двух третей членов совета. Эти меры повысили независимость Аль-Азхара и укрепили позиции Великого Имама. В то же время впоследствии они вызвали противоречия между Имамом Ахмадом аль-Тайебом и президентом АРЕ Абдель Фаттахом ас-Сиси. Несмотря на то, что Ахмад аль-Тайеб поддержал военный переворот 3 июля 2013 года, позже он встал в оппозицию к политике ас-Сиси. Имам Аль-Азхара резко осудил убийства протестующих, связанных с движением «Братьев-мусульман». Особенно, расправу полиции над участниками сидячей демонстрации в Рабаа аль-Адавийя 14 августа 2013 года, в ходе которой погибли 800 человек.
Одновременно усилилась финансовая зависимость Аль-Азхара от государства. Государственные органы осуществляют теперь контроль над мечетями, назначают имамов и осуществляют мониторинг их деятельности, выплачивают им зарплату.
Вторым наиболее важным после Аль-Азхара религиозным институтом Египта является Дар аль-Ифта. Это учреждение было создано в 1895 году и возглавляется верховным муфтием. В его обязанности входит издание религиозных фетв. Муфтий также следит за тем, чтобы подобные фетвы не издавались непрофессионалами или имамами, не признанными государством. Согласно египетскому законодательству, исламская проповедь и проведение уроков Корана лицами, не имеющими соответствующей лицензии, карается годом тюремного заключения или штрафом в размере 50 тысяч египетских фунтов. Муфтий также определяет начало месяцев по лунному календарю, в том числе священного месяца Рамадан. Исторически сложилось так, что Дар аль-Ифта оказалось фактически подчиненным министерству юстиции. От этой зависимости его избавил только декрет президента Мубарака в 2007 году.
После переворота 2013 года государство предприняло шаги по ужесточению контроля над Дар аль-Ифта и попыталось противопоставить этот институт Аль-Азхару. По мнению Халиля аль-Анани, «Начиная с 2014 года Дар аль-Ифта превратилось в рупор государства и политический инструмент для легитимации его действий во внутренней и внешней политике». Великий муфтий шейх Али Гомаа и его преемник Шауки Алям не раз выступали с суровым осуждением «Братьев-мусульман». Например, в 2020 году Шауки Алям охарактеризовал движение «»Братьев-мусульман» как «кошмар арабского мира». Дар аль-Ифта в последние годы выпустило десятки фетв и религиозных заявлений с осуждением «Братьев-мусульман», поддержкой позиции правительства АРЕ по Ливии и резкой критикой президента Турции Реджепа Тайипа Эрдогана.
Что касается Сирии, то здесь так же как и в АРЕ в последнее время заметно ужесточение контроля государства над религиозной сферой. Объективной причиной этого является, конечно, взлет радикального исламизма в ходе гражданской войны, которая принесла этой стране неисчислимые бедствия. В сирийской политической элите считают, что в начале 21 века, после прихода к власти Башара Асада дела в сфере религиозного образования и регулирования деятельности мечетей были пущены на самотек, что привело к росту салафизма и исламского радикализма. 15 ноября 2021 года в Сирии был издан закон об укреплении Верховного совета улемов и расширении его полномочий. Он существенно ограничивает независимость и автономию института муфтията, долгие годы являвшегося оплотом официального суннитского духовенства. Теперь представители тех групп мусульман, которые ранее рассматривались в качестве конфессиональных меньшинств (алавиты, друзы, исмаилиты, шииты-иснаашариты) уже не рассматриваются в качестве таковых и имеют равные права голоса с суннитами. Эта мера вызвала отставку верховного муфтия Ахмеда Бадреддина аль-Хассуна, наиболее талантливого и харизматичного представителя суннитского духовенства, к тому же оказавшего правительству Асада большие услуги в годы гражданской войны. Автор данной статьи несколько раз встречался с муфтием в самые тяжелые для САР годы. С самого начала смуты Бадреддин аль-Хассун выступал в поддержку законного сирийского правительства, против джихадистов. Его дом в Восточном Алеппо был сожжен террористами, несколько его родственников было убито. Таким образом, большие полномочия и возможности даже лояльного власти суннитского клерикала показались сирийским властям подозрительными.