В официальном документе, опубликованном Министерством обороны Турции в мае с. г., в котором излагается политика страны в отношении оборонных стратегий Европейского союза, Анкара подтвердила свою приверженность недопущению того, чтобы ЕС играл фундаментальную роль в формировании и руководстве оборонной и военной политикой на континенте. 108-страничный документ раскрывает цели Турции и военную позицию в других странах. В докладе, подписанном министром обороны Яшаром Гюлером, отдельно подчеркивается, что НАТО должно оставаться главной организацией в удовлетворении потребностей Европейского союза в области безопасности. Турция, член НАТО, но не ЕС, стремится оказывать большее влияние на оборонную политику Европы, используя преимущества своего членства в НАТО, включая право вето. Гюлер заявил в документе, что Турция поддерживает укрепление связей между НАТО и ЕС, но будет действовать для обеспечения того, чтобы НАТО сохраняло свою ведущую роль в таком сотрудничестве. Документ освещает амбиции Турции, выраженные президентом Реджепом Тайипом Эрдоганом во фразе «Столетие Турции». По словам Гюлера, Турция уже приобрела статус глобального игрока, разместив свои военные активы в таких странах, как Ливия, Азербайджан, Катар, Сомали, Косово и Босния-Герцеговина. Как полагают некоторые турецкие аналитики,  мотив Турции дистанцироваться от стремления ЕС к большей независимости в политике безопасности и обороны проистекает из растущих разногласий по ключевым вопросам, которые имеют огромное значение как для Турции, так и для ЕС. Хотя ЕС признает Турцию страной стратегического значения, он определил определенные действия турецкого правительства как угрозы региональному миру, безопасности и стабильности, как подчеркивается в многочисленных отчетах различных институтов ЕС за последние годы. Это включает незаконную деятельность Турции на Кипре, государстве-члене ЕС, которое было разделено на зоны, контролируемые Турцией и Грецией, после турецкой военной интервенции в 1974 году. Еще одной проблемой для ЕС является вооружение Турцией группировок в Ливии и ее односторонние действия, некоторые из которых считаются нарушениями режима санкций ООН. Эти действия подрывают операцию ЕС ИРИНИ, задачей которой является обеспечение соблюдения эмбарго ООН на поставки оружия в Ливию в международных водах в соответствии с резолюциями СБ ООН, принятыми в 2016 и 2020 годах, и которая действует с 31 марта 2020 года. Турция заявила, что операция ИРИНИ была несбалансированной и несоразмерно нацеленной на поддерживаемые Турцией группировки в Ливии. Кроме того, военные соглашения Турции с правительством Ливии, а также соглашения о разграничении морских зон были признаны угрозами общей политике ЕС в области безопасности. Напористая военная позиция Турции в Восточном Средиземноморье и Эгейском море по поводу спорных суверенных зон, хотя и несколько смягченная в последние годы, остается основным источником разногласий между Турцией и ЕС. Это особенно очевидно в нарушениях прав государств-членов ЕС Греции и Кипра. Греция и Кипр были определены как две страны, требующие бдительного мониторинга на предмет ранних признаков военной активности, из-за утверждений о создании рисков и угроз национальной безопасности Турции. Согласно секретному военному документу, который «утек» в СМИ, Греция и Кипр возглавляют список стран, по которым Турции необходимо собирать военную, политическую, социальную, экономическую, транспортную, коммуникационную, научную и технологическую информацию даже в мирное время. Разведданные, собранные из нескольких источников Разведывательным управлением Генерального штаба (Genelkurmay Istihbarat Başkanlığı), будут оцениваться Генеральным штабом для определения «возможностей, боеготовности или состояния боевой готовности, деятельности, намерений, целей и/или направления передвижения вооруженных сил потенциального противника». Заявленная цель — дать Турции возможность заблаговременно принять меры по нейтрализации предполагаемых угроз и рисков посредством предварительной подготовки, предоставив правительству достаточно времени для принятия решений и регулярно информируя политиков еженедельными сводками разведданных. Рекомендации, представлены в 58-страничном секретном документе под названием «Система военных указаний и предупреждения Вооруженных сил Турции» упрощены с помощью матрицы цветового кодирования и геометрических знаков, чтобы обеспечить более легкое понимание угроз, исходящих из Греции и Кипра, а также из других стран за которыми следит Турция. Желтый квадрат указывает на уровень выше нормы, обозначающий потенциальный кризис, риск или угрозу. Оранжевый треугольник представляет ситуацию, когда уровень активности значительно превышает нормальный, что потенциально приводит к вероятному кризису, риску или угрозе. Красный ромб символизирует чрезвычайную ситуацию с экстремальным уровнем активности, указывая на то, что кризис, риск или угроза неизбежны или продолжаются. Наконец, черная звезда описывает неопределенность из-за недостатка информации для оценки уровня риска, используемой, в частности, когда ситуация является ненормальной, но не может быть точно классифицирована. В документе «Руководящие принципы» приводится пример того, как это кодирование применяется к Греции и Кипру. Общая оценка для Греции была обозначена желтым треугольником, что указывает на потенциальный кризис и риски. Оценка была разделена на две подкатегории: внешние и внутренние оценки, проанализированные в соответствии с политическими, социально-экономическими и военными критериями. Желтым квадратом обозначены только внешние военные действия Греции, в то время как остальные отмечены зеленым кружком. Общая оценка для Кипра была отмечена оранжевым треугольником, что указывает на более высокие риски для национальной безопасности Турции. Внутриполитические события и внешняя военная деятельность Кипра были отмечены желтым квадратом. Та же матрица кодирования цвета и формы также использовалась для прогнозирования следующих 90 дней оценки угрозы в дополнение к прошлым и настоящим оценкам. Согласно примерной таблице, включенной в документ, общая оценка будущего прогноза как для Греции, так и для Кипра была отмечена желтым квадратом, указывающим на то, что Турция считает их представляющими угрозы и риски для своей национальной безопасности. Хотя матрица, примененная к этим странам, была помечена как выборка, что может указывать на то, что фактическая классификация Греции и Кипра могла отличаться, она, тем не менее, проливает свет на мыслительный процесс, который использовался при подготовке руководства. Документ был подписан Хулуси Акаром, тогдашним начальником Генерального штаба, который позже стал министром обороны. В настоящее время он является председателем парламентского комитета по обороне. Документ датирован апрелем 2016 года и считается обновленной версией аналогичных руководящих принципов, принятых в 2003 году. Акар приказал уничтожить все копии более ранней версии и распорядился распространить ограниченное количество копий текущей версии среди избранных воинских частей, а также Национальной разведывательной организации (MIT0 и министерств иностранных дел и внутренних дел со строгой конфиденциальностью и по мере необходимости. Было заявлено, что руководящие принципы являются обязательными и для военных атташе, работающих за рубежом. Было отмечено, что разведданные, собранные турецкими военными атташе, должны передаваться их начальству, чтобы пополнить базу разведданных, собранных в штаб-квартире Генерального штаба. Они рекомендовали использовать все методы сбора разведданных, включая сигналы, людей, изображения и разведданные из открытых источников (SIGINT, HUMINT, IMINT и OSINT). Рекомендации были частично разработаны путем адаптации Системы разведывательного предупреждения НАТО (NIWS) для стандартизации показателей, что является парадоксальным, учитывая, что Греция является союзником Турции по НАТО. Разведывательное управление выпускает еженедельный оценочный отчет под названием «Отчет о предупреждении о войне» (Harp Ikaz Raporu), в котором определяется, какие страны представляют какой уровень угрозы и риска для безопасности Турции. Центр командования и операций вооруженных сил Генерального штаба (SKKHM), важнейшее учреждение, планирующее и проводящее военные операции, основывает свое планирование на этих отчетах. Критерии, разработанные для оценки конкретной страны, представляются весьма специфичными. Что касается показателей внутренней политики и управления, турецкие военные определили 97 видов деятельности, которые будут использоваться для проведения оценок в этой области. Количество показателей в социально-экономической и военной областях составляет 57 и 43 соответственно. Что касается внешних показателей, в руководстве перечислены десятки критериев, которые включают международную пропаганду и обеспечение политической поддержки со стороны других стран. Нарушения воздушного пространства и территориальных вод, установление контакта с иностранными военными лидерами, формирование оперативных групп союзников, получение внешней военной поддержки и координация разведданных с иностранными разведывательными службами также были перечислены в качестве критериев, которые будут использоваться при разработке матрицы рисков для Греции и Кипра. Турция и Греция расходятся во мнениях по ряду вопросов, включая противоречивые претензии на территориальные воды в Эгейском море, статус турецко-мусульманского меньшинства в Западной Фракии и статус некоторых островов и скальных образований. Несмотря на недавние визиты высокого уровня между двумя странами, фундаментальные вопросы на двустороннем уровне остаются нерешенными. Президент Турции Реджеп Тайип Эрдоган посетил Грецию 7 декабря 2023 года, через шесть лет после своего предыдущего визита, что было расценено как дипломатическое наступление на фоне проблемных отношений Анкары с Западом и углубляющихся экономических проблем внутри страны. В ходе визита обе стороны подписали Афинскую декларацию о дружественных отношениях и добрососедстве, в которой подчеркнули свою приверженность укреплению дружеских отношений, взаимного уважения, мирного сосуществования и взаимопонимания. Премьер-министр Греции Кириакос Мицотакис посетил Турцию 13 мая 2024 года в рамках продолжающегося политического диалога и мер укрепления доверия со своим турецким коллегой. Турция содержит более 30 000 военнослужащих на разделенном острове Кипр и настаивает на решении о создании двух государств, чтобы отколовшаяся Турецкая Республика Северного Кипра (ТРСК), основанная в 1983 году, была признана во всем мире как независимое государство. Длившиеся десятилетиями мирные переговоры между греками-киприотами и турками-киприотами не решили нерешенных вопросов, а последняя по времени инициатива, поддержанная ООН, провалилась в 2017 году. У Турции и Кипра сохраняются  разногласия по поводу исключительных экономических зон острова в Восточном Средиземноморье и противоречивые взгляды на разработку запасов углеводородов. В последние годы Анкара также предприняла дальнейшие шаги по изменению условий на местах, объявив о повторном открытии части огороженной территории Вароша (Мараш по-турецки) в октябре 2020 года. О дальнейших шагах по Вароше было объявлено в июле 2021 года, что вызвало осуждение со стороны Совета Безопасности ООН. Отношения Турции с Грецией и Кипром часто становились предметом внутриполитических дебатов в Турции, где политики из правящих и оппозиционных партий часто используют их для достижения своих политических целей, сплочения своих сторонников и привлечения голосов избирателей в ходе избирательных кампаний.

У Турции и ЕС также сохраняются разные точки зрения войну Израиля против ХАМАСа в секторе Газа, которая началась после массированного нападения ХАМАСа на израильские военные и гражданские объекты 7 октября 2023 г. В то время как ЕС причисляет ХАМАС к террористическим организациям, Турция рассматривает боевиков ХАМАСа как освободителей, защищающих свою родину от израильской оккупации. Хотя Турция солидарна с ЕС в осуждении российскую военную операцию на Украине и выражает приверженность суверенитету и территориальной целостности Украины, она отклоняется от позиции ЕС, помогая России обходить западные санкции и служа убежищем для российских компаний и бизнесменов.

Соучастие правительства Эрдогана в организованных преступных синдикатах, а также связи с наркоторговцами и лицами, занимающихся отмыванием денег, многие из которых искали убежища в Турции и приобрели турецкое гражданство в последние годы, также представляет значительную угрозу безопасности ЕС. В недавнем отчете Агентства Европейского союза по сотрудничеству правоохранительных органов (Европол) недвусмысленно подтверждается, что за 22 года пребывания президента Эрдогана у власти Турция превратилась в центр крупных преступных синдикатов, представляющий серьезную угрозу безопасности Европы.

ЕС также обеспокоен вмешательством турецкого правительства во внутренние дела своих государств-членов. Это вмешательство включает в себя преследование журналистов и активистов, критикующих режим Эрдогана, слежку за ними, мобилизацию протурецких групп диаспоры в европейских столицах в политических целях и широкую турецкую кампанию дезинформации и влияния, нацеленную на ЕС. Хотя многие из этих расхождений также создают проблемы для США, Турция считает свои позиции в возглавляемом США альянсе НАТО более сильными, чем в ЕС, и в той или иной степени использует свои привилегии членства для достижения национальных целей. Показательным примером является длительная тактика Турции в отношении заявок Швеции и Финляндии на вступление в НАТО. Используя свое право вето во время начала переговоров о членстве и применяя тактику затягивания окончательной ратификации протоколов о присоединении Швеции и Финляндии в турецком парламенте, правительство Эрдогана фактически навязало свою волю по нескольким вопросам. Это включает отмену и/или ослабление эмбарго на поставки оружия Турции с Запада. Влияние Турции в ЕС как страны-кандидата не эквивалентно ее влиянию в НАТО. Следовательно, ее стратегической целью остается подрыв схем сотрудничества НАТО и ЕС и недопущение того, чтобы ЕС взял на себя доминирующую роль в политике безопасности и обороны континента. Эта позиция была подтверждена в документе Министерства обороны Турции за 2024 год.